Por que o funcionário some do sistema?

O funcionário pode não aparecer, principalmente, por dois motivos:

1- O funcionário está como Desligado no sistema. Para ver isso vá em Cadastros > Funcionários e selecione a esquerda Mostrar funcionários demitidos. Se aparecer uma data na coluna de demissão, significa que ele está desligado. Clique em Opções > Readmitir func.

2- O funcionário está cadastrado em um outro local de trabalho.