Como deixar o registro de pausa de forma automática?

Clique em Cadastros> empregado> alterações múltiplas.

Depois selecione os locais de trabalho ou empregados que devem ter as mesmas configurações. 

No campo Registro de ponto e apontamentos, ative a opção registrar horário de pausa automaticamente.

A marcação deve ficar em verde sinalizando a ativação.

Finalize clicando em Salvar.