Por que o funcionário está com horas extras se fez a jornada corretamente?

A duração legal define qual o período que deve ser considerado da jornada, portanto, o que passar desse período é apontado como hora extra independente do horário cadastrado na jornada.

A duração legal só deve ser informada em caso de necessidade da mesma.

Se é definida uma duração legal sem necessidade, será apontado horas extras indevidas.

Neste caso, deve-se cadastrar uma nova jornada e realizar a alteração na escala, se atentando em não cadastrar uma duração legal na jornada.